Počkejte prosím chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFCHT  → Studium → Doktorské studium → Detail programu

Bioinformatics

Bioinformatics

Doktorský program, Fakulta chemické technologie

The aim of the DSP programme is to educate specialists in bioinformatics, which is a combination of molecular and cell biology, biochemistry, statistics and computer science. Bioinformatics deals with the development of tools for the management of biological databases, algorithms for the processing of molecular-biological data and methods for the analysis and interpretation of relationships in these data. Most of the projects are biologically oriented with the aim to understand the complex context in the studied biological phenomena. However, we also run IT-oriented topics that include the development of algorithms or data processing methods.

Uplatnění

The combination of the education in natural sciences and informatics qualifies graduates to work in interdisciplinary teams. Graduates will find employment in a wide range of areas where data obtained by instrumental analysis of biological samples are processed. Graduates can also rely on a broad knowledge of informatics and can be successful in the development of software technologies, especially for data analytics. Graduates will further find employment in scientific infrastructures built in the Czech Republic within the framework of European operational programs. Due to the persisting lack of experts with an interdisciplinary education, graduates will also be easily employable outside the Czech Republic. Typical positions that DSP Bioinformatics graduate can hold: - researcher in basic or applied research in the public or private sector in the fields of biomedicine, clinical medicine, medical and pharmaceutical chemistry, food, agriculture, biotechnology or forensic science. Typical positions are postdoc, programmer, research associate, research fellow, project leader, project manager. - university lecturer in bioinformatics, computational biology, computational chemistry or applied informatics. Typical positions are assistant professor, assistant, lecturer. - software developer or data analyst in IT companies. - professional positions that require organizational and analytical skills and expertise not only in bioinformatics. Typical job positions include state administration at the highest management levels, organizations that are methodologically and organizationally engaged in science and research or non-profit and educational organizations.

Detaily programu

Jazyk výuky anglický
Standardní doba studia 4 roky
Forma studia kombinovaná , prezenční
Garant studia prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
Místo studia Praha
Kapacita 8 studentů
Kód akreditace (MŠMT kód) P0588D030010
VŠCHT kód AD107
Počet vypsaných témat 3

Vypsané disertační práce pro rok 2026/27

Bioinformatická analýza deoxyribozymů
Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Dále nabízena v programech: Bioinformatika ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Edward A. Curtis, Ph.D.
Předpokládaná forma studia: Prezenční
Předpokládaný způsob financování: Stipendium + mzda

Anotace


Deoxyribozymy, DNA molekuly katalyzující chemické reakce, jsou užitečnými nástroji díky nízké ceně, vysoké stabilitě a schopnosti fungovat ve velkém spektru podmínek. Cílem této práce bude vyvinout nové metody analýzy velkých datasetů deoxyribozymů isolovaných v naší laboratoři pomocí NGS (Next Generation Sequencing). Projekt bude vyžadovat znalost standardních bioinformatických postupů, ale i čím dál tím populárnějších metod strojového učení.
Problematické sloučeniny při testování s vysokou propustností (HTS)
Místo výkonu práce: Ústav makromoleklární chemie AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště: Ústav makromoleklární chemie AV ČR, v. v. i.
Dále nabízena v programech: Bioinformatika ( výuka v českém jazyce )
Školitel: Ing. Ctibor Škuta, Ph.D.
Předpokládaná forma studia: Prezenční
Předpokládaný způsob financování: Stipendium

Anotace


Testování s vysokou propustností (HTS) je klíčová technologie v raných fázích vývoje léčiv. Interpretace výsledků může být komplikovaná přítomností problematických sloučenin (PAINS, agregátory, autofluorescence, cytotoxicita a další), které znesnadňují rozlišení mezi skutečnými a falešně pozitivními výsledky. Datové sady bohaté na metadata z infrastruktur CZ-OPENSCREEN a EU-OPENSCREEN, stejně jako velké veřejné databáze, například PubChem, poskytují příležitost lépe porozumět existujícím vzorcům a identifikovat nové. Tato na kontext orientovaná metodika se zaměřuje na to, jak chemická struktura sloučenin, experimentální nastavení a vybrané biologické cíle souvisejí s pozorovaným problematickým chováním. Práce zahrnuje shromažďování, anotaci a vývoj nástrojů pro detekci a interpretaci problematických sloučenin, včetně podstrukturních filtrů, seznamů potvrzených problematických sloučenin, modelů strojového učení a jejich kombinovaných přístupů. Zvláštní pozornost je věnována rozlišování jednotlivých mechanismů problematického chování, zdůraznění pravděpodobnosti a závažnosti jednotlivých upozornění a jejich kombinací, a shrnutí těchto poznatků do lidsky čitelných formátů. Práce také zahrnuje zkoumání využití velkých jazykových modelů k generování jasných, kontextově citlivých štítků a popisů. Tyto nástroje mohou být zpřístupněny v otevřených zdrojích pro výběr sloučenin a integrovány do systémů CZ-/EU-OPENSCREEN. Zároveň zařízení CZ-OPENSCREEN mohou poskytnout experimentální validaci výsledků.
Výzkum metabolismu lipidů u karcinomů: integrativní přístupy v metabolomice, fluxomice a metabolickém inženýrství.
Místo výkonu práce: Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
Garantující pracoviště: Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
Dále nabízena v programech: Bioinformatika ( výuka v českém jazyce )
Školitel: RNDr. Ondřej Kuda, Ph.D.
Předpokládaná forma studia: Prezenční
Předpokládaný způsob financování: Stipendium + mzda

Anotace


Tento doktorský projekt zkoumá přesměrování lipidových metabolických drah u karcinomů pomocí integrativního přístupu kombinujícího metabolomiku, fluxomiku, metabolické inženýrství a in silico modelování. Cílem výzkumu je dekonvoluce komplexních lipidových metabolických drah pomocí analýzy metabolických toků a studií se stabilními izotopovými tracery, podpořených postupy pro zpracování dat založenými na Pythonu a výpočetním modelování. Studie zahrnuje experimentální práci, včetně modelů nádorových buněčných kultur a myších modelů in vivo, s cílem ověřit predikované dráhy a kvantifikovat metabolické toky za fyziologických a patologických podmínek. Přístupy strojového učení pomohou při objevování biomarkerů a předvídání metabolických zranitelností, což nabídne vhled do mechanismů řídících progresi karcinomů a potenciálních terapeutických cílů. Tento interdisciplinární projekt propojuje výpočetní biologii, biochemii a experimentální výzkum rakoviny a přispívá k našemu porozumění metabolismu lipidů a vývoji přesných strategií pro metabolické inženýrství a terapii rakoviny. Práce bude probíhat v FGÚ AV ČR. Práce je finančně zajištěna materiálně i úvazkem.
Aktualizováno: 3.2.2022 22:33, Autor: Jan Kříž

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČ: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Za informace odpovídá: Fakulta chemické technologie
Technický správce: Výpočetní centrum

Copyright VŠCHT Praha
zobrazit plnou verzi