Počkejte prosím chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFCHT  → Studium → Doktorské studium → Detail programu
iduzel: 63136
idvazba: 75264
šablona: stranka
čas: 16.6.2024 13:31:11
verze: 5420
uzivatel:
remoteAPIs: https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/program?weburl=/studium/doktorske-studium/
branch: trunk
Server: 147.33.89.150
Obnovit | RAW
iduzel: 63136
idvazba: 75264
---Nová url--- (newurl_...)
domena: 'fcht.vscht.cz'
jazyk: 'cs'
url: '/studium/doktorske-studium/program/22310/AD107'
iduzel: 63136
path: 8547/4159/1395/1892/4610/6075/63136
CMS: Odkaz na newurlCMS
branch: trunk
Obnovit | RAW

Bioinformatics

Bioinformatics

Doktorský program, Fakulta chemické technologie

The aim of the DSP programme is to educate specialists in bioinformatics, which is a combination of molecular and cell biology, biochemistry, statistics and computer science. Bioinformatics deals with the development of tools for the management of biological databases, algorithms for the processing of molecular-biological data and methods for the analysis and interpretation of relationships in these data. Most of the projects are biologically oriented with the aim to understand the complex context in the studied biological phenomena. However, we also run IT-oriented topics that include the development of algorithms or data processing methods.

Uplatnění

The combination of the education in natural sciences and informatics qualifies graduates to work in interdisciplinary teams. Graduates will find employment in a wide range of areas where data obtained by instrumental analysis of biological samples are processed. Graduates can also rely on a broad knowledge of informatics and can be successful in the development of software technologies, especially for data analytics. Graduates will further find employment in scientific infrastructures built in the Czech Republic within the framework of European operational programs. Due to the persisting lack of experts with an interdisciplinary education, graduates will also be easily employable outside the Czech Republic. Typical positions that DSP Bioinformatics graduate can hold: - researcher in basic or applied research in the public or private sector in the fields of biomedicine, clinical medicine, medical and pharmaceutical chemistry, food, agriculture, biotechnology or forensic science. Typical positions are postdoc, programmer, research associate, research fellow, project leader, project manager. - university lecturer in bioinformatics, computational biology, computational chemistry or applied informatics. Typical positions are assistant professor, assistant, lecturer. - software developer or data analyst in IT companies. - professional positions that require organizational and analytical skills and expertise not only in bioinformatics. Typical job positions include state administration at the highest management levels, organizations that are methodologically and organizationally engaged in science and research or non-profit and educational organizations.

Detaily programu

Jazyk výuky anglický
Standardní doba studia 4 roky
Forma studia kombinovaná , prezenční
Garant studia prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
Místo studia Praha
Kapacita 8 studentů
Kód akreditace (MŠMT kód) P0588D030010
VŠCHT kód AD107
Počet vypsaných témat 5

Vypsané disertační práce pro rok 2024/25

Aplikace strojového učení v oblasti biochemie

Garantující pracoviště: Ústav organické chemie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Školitel: Mgr. Tomáš Pluskal, Ph.D.

Anotace


Naše laboratoř kombinuje nejnovější experimentální (např. hmotnostní spektrometrie, metabolomika, RNA-seq) a výpočetní (např. bioinformatika, molekulární sítě, strojové učení) přístupy a vyvíjí rychlé, obecně použitelné postupy pro objevování a využití bioaktivních molekul odvozených z rostlin. Hledáme talentovaného studenta pro vývoj modelů strojového učení za účelem predikce funkce enzymů zapojených do specializovaných biosyntetických drah.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Interpretovatelná umělá inteligence v návrhu léčiv

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Školitel: Ing. Martin Šícho, Ph.D.

Anotace


Projekt se zaměřuje na aplikaci interpretovatelné umělé inteligence (explainable artificial intelligence, XAI) v oblasti počítačového návrhu léčiv. Cílem projektu je vyvinout nové metodologie, které učiní rozhodovací procesy AI modelů používaných pro návrh léčiv transparentnějšími a srozumitelnějšími. V rámci projektu bude zkoumáno, jak může XAI zlepšit spolehlivost prediktivních AI modelů. Významným aspektem výzkumu bude integrace přístupů XAI s existujícími algoritmy návrhu léčiv za účelem zvýšení jejich interpretovatelnosti. Projekt usiluje o překlenutí propasti mezi pokročilými technikami AI a praktickými farmaceutickými aplikacemi, podporujíc tak efektivnější a informovanější návrh léčiv.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha

Molekulární mechanismy odpovědi na environmentální stres v modelových buněčných systémech

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v. v. i.
Školitel: RNDr. Pavel Rössner, Ph.D.

Anotace


Znečištění životního prostředí představuje celosvětový problém ovlivňující zdraví většiny obyvatelstva. Pro účinnou ochranu před negativními zdravotními dopady environmentálního znečištění je třeba detailně pochopit molekulární mechanismy vlivy polutantů na organismus. Cílem disertační práce bude vyhodnotit dopad znečištění ovzduší na celogenomovou expresi mRNA a epigenetické mechanismy (exprese miRNA, metylace DNA) v modelových lidských buněčných systémech v podmínkách in vitro. Modely plicní tkáně a nosní sliznice budou vystaveny vnějšímu ovzduší v lokalitách s různou mírou environmentálního znečištění a následně bude provedena detailní analýza mRNA expresních profilů a epigenetických změn. Práce by měla přispět k vytvoření detailního modelu popisujícího na molekulární úrovni reakce organismu na přítomnost polutantů v ovzduší.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav experimentální medicíny AV ČR, v. v. i.

Populační genomika starověké DNA: detekce populační substruktury v lidských populacích

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Školitel: RNDr. Edvard Ehler, Ph.D.

Anotace


Rozvoj technologií starověké DNA (aDNA) v posledních letech dal vzniknout obrovskému množství vzorků lidského genomu, zejména z prehistorické Evropy. Většina známých vzorků pochází z prvních čtyř tisíciletí před naším letopočtem, období popisovaných jako neolit, doba bronzová a doba železná na základě souvisejících archeologických nálezů. Tyto populace jsou popsány především pomocí jejich kulturních rysů (archeologických nálezů, např. keramiky, pohřebnictví, příprava potravy, technologie). Biologický vztah mezi různými populacemi žijícími v té době se teprve začíná odhalovat. Doktorand/ka bude asistovat při bioinformatickém zpracování genomových vzorků aDNA (v rámci oceněného mezinárodního grantového projektu CZ-PL Weave) se zaměřením na populace z doby bronzové a železné ze střední Evropy. Získaná genomická data budou využita v hlavním cíli navrhovaného doktorského projektu – otestovat různé metody detekce populační substruktury a podobností a identifikaci populačních příměsí nebo izolačních událostí. Zájemce o pozici bude vyzván, aby otestoval různé metody populační genetiky, stejně jako moderní techniky snižování rozměrů a strojového učení a přístupy k popisu a pochopení genomických dat na úrovni populace. To by nám mělo umožnit lépe rozpoznat genetické pozadí cílových populací, odhadnout tok genů mezi nimi a tím i regionální variabilitu a pomoci nám zjistit jejich sociální strukturu, sňatkové vzorce a identifikovat možné migrace.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.

Zlepšení návrhu léčiv pomocí umělé inteligence a nukleární magnetické rezonance

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie
Školitel: prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.

Anotace


V tomto průmyslovém doktorském projektu se kandidát připojí k dynamickému týmu na pomezí cheminformatiky, umělé inteligence (AI) a nukleární magnetické rezonance (NMR) se zaměřením na návrh léčiv. Úloha zahrnuje vylepšení komponent NMR-AI platformy AI|ffinity pro virtuální screening, objevování hitů a optimalizaci leadů. Tento úkol zahrnuje vývoj inovativních softwarových řešení pro jednu nebo více z následujících aplikací: 1. Vylepšení 2D molekulárních reprezentací pro posílení přesnosti virtuálního screeningu založeného na ligandech s využitím 1D NMR screeningových spekter. 2. Zlepšení algoritmů pro optimalizaci leadů založených na umělé inteligenci, které využívají 1D NMR omezení. 3. Inovace v algoritmech pro de novo návrh léčiv s využitím informací o ligandových epitopech z 1D NMR screeningových experimentů. Projekt nabízí praktické využití těchto nástrojů při objevování léčiv v reálném světě ve spolupráci s AI|ffinity a jejími partnery a zahrnuje mezinárodní průmyslovou stáž pro globální expozici a poznatky, které přímo přispívají k vývoji léčiv.
kontaktujte vedoucího práce Místo výkonu práce: Ústav informatiky a chemie, FCHT, VŠCHT Praha
Aktualizováno: 3.2.2022 22:33, Autor: Jan Kříž

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČ: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Za informace odpovídá: Fakulta chemické technologie
Technický správce: Výpočetní centrum

Copyright VŠCHT Praha
zobrazit plnou verzi