Fakulta chemické technologie vznikla v roce 1969 sloučením Fakulty anorganické technologie a Fakulty organické technologie, které byly v roce 1952 spolu s Fakultou potravinářské technologie třemi zakládajícími fakultami samostatné Vysoké školy chemicko--technologické v Praze. Mohlo by se zdát, že tradice Fakulty chemické technologie nesahají před rok 1952. Fakultu však nereprezentuje jen její název, ale především studijní obory, které se na ní vyučují a ve kterých má fakulta tradiční i současnou vědeckou prestiž. Z tohoto pohledu sahá historie Fakulty chemické technologie až k samým počátkům vysokoškolské výuky technické chemie v Českých zemích.
Výuka železářství se později změnila na obor chemická metalurgie a zůstala zachována i při postupných přeměnách Královského stavovského učiliště technického na pražskou polytechniku, později na České vysoké učení technické a také po vzniku samostatné Vysoké školy chemicko-technologické v Praze. Prvním profesorem metalurgie a fyzikální chemie na pražské polytechnice se v roce 1907 stal František Wald, mezinárodně uznávaný vědec v oblasti termodynamiky. Jmenování profesorem bylo na pražské polytechnice spojeno se zřízením pracoviště zajišťujícího daný obor. Profesora F.Walda lze považovat za zakladatele dnešního Ústavu kovových materiálů a korozního inženýrství.
Rovněž výuka sklářství si zachovala kontinuitu až do současné doby. Okolo roku 1870 byla z rozsáhlého předmětu technická chemie vyčleněna vedle hutnictví železa také technologie staviv. Od roku 1904 vedl přednášky o sklářství a keramice Josef Burian, který se v roce 1909 stal prvním profesorem sklářství a keramiky a zakladatelem dnešního Ústavu skla a keramiky.
Přestože již v roce 1817 byly v rámci všeobecné chemie na pražské polytechnice přednášeny stati "O rostlinných a živočišných substancích", teprve v roce 1871 zavedl profesor Vojtěch Šafařík organickou chemii jako samostatný předmět. V roce 1906 začal organickou a také anorganickou chemii přednášet věhlasný český chemik, profesor všeobecné experimentální chemie Emil Votoček, který se stal vedoucím ústavu obecné chemie experimentální. V roce 1938 převzal vedení tohoto ústavu profesor Rudolf Lukeš. Mezi jeho spolupracovníky patřili Otto Wichterle a František Petrů. Votočkovým a Lukešovým žákem byl i nositel Nobelovy ceny za chemii z roku 1975 profesor Vladimír Prelog. V roce 1952, kdy vznikla samostatná Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, byl tento ústav rozdělen na katedru anorganické chemie, jejím vedoucím se stal profesor František Petrů a katedru organické chemie pod vedením profesora Rudolfa Lukeše. Ústav anorganické chemie a Ústav organické chemie na Fakultě chemické technologie jsou přímými pokračovali těchto kateder.
Od roku 1822 byly na pražské polytechnice zahájeny přednášky z mineralogie, které vedl František Xaver Maxmilián Zippe, zakladatel mineralogické sbírky. Díky soustavnému doplňování generacemi učitelů je dnes tato mineralogická sbírka na Vysoké škole chemicko--technologické v Praze po sbírkách Národního muzea nejcennější kolekcí minerálů v České republice. Mineralogie pak byla přednášena většinou v rámci přírodních věd, přestože byla na chemickém odboru povinným předmětem, např. od roku 1879 i u první státní zkoušky. Ústav mineralogie byl pak založen až v roce 1920 na Vysoké škole chemicko-technologického inženýrství profesorem Augustinem Ondřejem. Současný název Ústav chemie pevných látek odráží změnu zaměření ústavu směrem ke struktuře a fázové analýze pevných látek.
V roce 1835 zařadil Profesor Karel Napoleon Balling do přednášek technické chemie vedle výroby skla a keramiky, hutnictví železa, cukrovarnictví a kvasné chemie také části věnované výrobě potaše, ledku, sody, skalice, salmiaku, kamence, vitriolu a dalších anorganických sloučenin. Zde lze hledat počátky dnešního oboru anorganické technologie. Výroba lučebnin měla pak ve studijním programu technické chemie své trvalé místo, ale jako zvláštní předmět ji začal přednášet v roce 1910 profesor Jaroslav Milbauer. Samostatné pracoviště, Ústav anorganické technologie, založil a vedl od roku 1920.
V roce 1920 byl na Vysoké škole chemicko-technologického inženýrství založen "Ústav technologie látek výbušných, silic, pryskyřic, kaučuků a laků a trhací techniky, s technologií látek organických". Tento neobvykle široký název odrážel odborné zaměření profesora Cyrila Krauze, který byl vedením ústavu pověřen. Vědecké a pedagogické zaměření ústavu se pod vlivem významných osobností v jeho čele, jakými byli např. profesor František Šorm nebo profesor Viktor Ettel, měnilo a změnil se i jeho název na dnešní Ústav organické technologie.
Od roku 1870 začaly v Českých zemích i na Slovensku velmi rychle vznikat gumárenské a plastikářské továrny a tento rozvoj pokračoval i v první polovině 20.století. Inženýři do těchto závodů přicházeli především z vídeňské techniky a z různých oborů Vysoké školy chemicko-technologického inženýrství ČVUT. Až v roce 1949 byl na této škole zřízen Ústav plastických hmot a jeho vedením byl pověřen profesor Otto Wichterle, který zde zahájil výzkum kontaktních očních čoček z hydrofilních gelů. Pracoviště se poměrně brzy rozdělilo na katedru makromolekulární chemie a katedru technologie kaučuků a plastických hmot, aby se později opět spojilo na dnešní Ústav polymerů.
V rámci studijního oboru technologie polymerů působila na Fakultě chemické technologie od roku 1974 Laboratoř restaurování uměleckých děl. V roce 1993 se změnila na Ústav chemické technologie restaurování památek a zajišťuje výuku v této oblasti.
V roce 1984 byla na Fakultě chemické technologie založena katedra chemické technologie materiálů pro elektroniku. Změna struktury našeho průmyslu si po roce 1989 vyžádala změnu v zaměření i názvu na Ústav inženýrství pevných látek, který koordinuje výuku ve studijním oboru Materiálové inženýrství. Na výuce se podílejí i další materiálově zaměřené ústavy.
V roce 1961 byla založena Společná laboratoř pro chemii a technologii silikátů ČSAV a VŠCHT Praha, která se v r. 1987 se transformovala na Ústav chemie skelných a keramických materiálů ČSAV. Na tato pracoviště dnes přímo navazuje v roce 1996 založená Laboratoř anorganických materiálů, společné pracoviště Ústavu anorganické chemie Akademie věd České Republiky a Vysoké školy chemicko-technologické v Praze.