|
Microbiology
Doktorský program,
Fakulta potravinářské a biochemické technologie
The purpose of the study programme is to train specialists with a comprehensive understanding of microbial populations, their activity, phylogenetic and metabolic diversity, mechanisms controlling targeted changes of their genetic information or chemical principles affecting the relationship within microbial communities. The study programme is based on the combination of various forms of tuition and laboratory research, with the main emphasis on independence, initiative and critical approach of students. Alumni of this study programme should be able to routinely use any of the acquired knowledge, skills and competences for industrial or other applications. UplatněníAlumni of this study programme should have a comprehensive microbiological, biochemical and engineering background that will enable them to fully understand the microbial world. They will dispose of deep theoretical insight as well as practical skills in all key areas of microbiology, including biochemistry of microorganisms, molecular biology, genetic engineering and other closely related fields. The alumni of the study programme will find employment in all areas of biotechnology, food, pharmaceutical or chemical industry, in clinical laboratories, in the field of environmental sciences and agriculture. Last but not least, the alumni should be highly competent to work in academia. Detaily programu
Vypsané disertační práce pro rok 2026/27Dissecting Bordetella interaction with the respiratory epithelium
AnotaceKlasické druhy rodu Bordetella vyvolávají respirační onemocnění savců, včetně černého kašle u člověka způsobeného Bordetella pertussis a B. parapertussis, a onemocnění dýchacích cest u zvířat způsobených B. bronchiseptica. Dizertační práce bude zaměřena na identifikaci a charakterizaci genetických determinant, které bakteriím rodu Bordetella umožňují kolonizovat respirační epitel. Hlavním nástrojem celogenomového funkčního mapování bude transpozonové sekvenování (TnSeq). Aplikace TnSeq v modelu „air–liquid interface“ primárního nosního a/nebo tracheálního řasinkového epitelu umožní identifikovat geny nezbytné pro efektivní kolonizaci respiračního epitelu. Tyto geny budou následně analyzovány pomocí cílené mutageneze, transkriptomického profilování a fenotypové charakterizace za účelem určení jejich specifických rolí v bakteriální adhezi, metabolismu, a tvorbě biofilmu. Výstupem práce bude detailní funkční mapa genetických determinant rodu Bordetella podílejících se na raných fázích kolonizace dýchacích cest. Metabolic exchange in polymicrobial infections
AnotacePolymikrobiální infekce, při nichž hostitele infikuje více druhů mikroorganismů, často vykazují synergické interakce, které zvyšují jejich kolektivní patogenitu. Tato práce se bude zabývat neutrofily modulovanými interakcemi mezi houbami a bakteriemi a mezi houbami navzájem, které budou zahrnovat kovy, metalofory a metaloproteiny, které jsou klíčovými molekulárními aktéry složek účastnících se interakcei. Budoucí student bude zkoumat fyzikálně-chemické parametry molekul mikroorganismů a hostitele v místě zánětu pomocí nativní hmotnostní spektrometrie vázané na kovy, metabolomiky, zobrazování a imunologických testů. V in vitro studiích student definuje kritické infekční procesy na intramolekulární, molekulární, intracelulární a intercelulární úrovni. Biomolekulární interakce stanovené in vitro budou studovány v lidských tělních tekutinách nebo biopsiích. Práce prokáže nekanonické role hostitelských a patogenních molekulárních aktérů odvozených od kovů. Prostřednictvím molekulárních mechanismů, které jsou základem polymikrobiálních infekcí, identifikuje nové buněčné cíle hostitele pro mikrobiální antigeny. Multistep enzymatic synthesis of bioactive chitooligomers with varying degrees of acetylation
AnotaceProjekt pro disertační práci se zaměřuje na vývoj a optimalizaci tříkrokové enzymové syntézy bioaktivních chitooligomerů (COS) využitelných v ekologické ochraně plodin. Chitooligomery jsou ?-1-4-vázané oligosacharidy složené z jednotek N-acetylglukosaminu a glukosaminu, jejichž biologická aktivita závisí zejména na jejich stupni polymerace, stupni acetylace a acetylačním vzorci. Chitooligomery jsou známé svou schopností vzbudit imunitní odpověď rostlin, dají se tak využít jako přírodní látky chránící plodiny před mikrobiálními škůdci. V rámci projektu budou navrženy a připraveny mutantní varianty mikrobiálních chitinas se zvýšenou hydrolytickou aktivitou pro zvýšení účinnosti štěpení chitinu, kterým budou připraveny frakce COS s nižšími stupni polymerace. V dalším kroku budou využity již známé nebo nově připravené mutantní varianty mikrobiálních chitinas a ?-N-acetylhexosaminidas s transglykosidasovou aktivitou vhodné pro přípravu chitooligomerů se stupněm polymerace 5-10 v preparativním měřítku. Tyto chitooligomery budou následně plně nebo částečně deacetylovány pomocí nových chitindeacetylas, čímž získáme frakce COS s různými stupni polymerace a acetylace, které dosud nejsou dostupné. Antimikrobiální a stimulační aktivita připravených chitooligomerů s definovaným stupněm polymerace a acetylace budou testovány ve spolupráci s Ústavem experimentální botaniky AV ČR. |
Aktualizováno: 3.2.2022 22:33, Autor: Jan Kříž